長崎の海外交流の貴重な資料を一堂に集結し、2005年11月に開館しました。県立クラスの博物館では初となる学芸部門を含めた指定管理者制度を導入したことで話題を集めました。開館時より乃村工藝社は指定管理者として施設運営に携わっています。当社の総合力を活かし展覧会やイベントを実施する一方、復元された奉行所ではボランティアがお裁きを寸劇で再現するなど、市民の協力を得た活動も積極的に行っています。また「長崎学」の研究拠点としての役割も担い、設置者と連携して文化行政の継続性を担保する仕組みをもった運営をしています。
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